Desde 1998, en el sector vacuno se ha desarrollado un sistema de trazabilidad que permite un mayor control a lo largo de toda la cadena alimentaria en aras de una mayor transparencia, lo que ha permitido restablecer la confianza del consumidor tras la crisis de las encefalopatías espongiformes transmisibles y garantizar la seguridad alimentaria de los productos de carne de vacuno.
Este sistema de trazabilidad, que comienza por la identificación individual de los animales, se compone, de manera general, de los siguientes elementos:
1. Dos medios de identificación, que recogen un mismo y único código de identificación que permite identificar de forma individual a cada animal:
- Para los bovinos nacidos antes del 30 de junio de 2025: dos crotales convencionales, uno en cada oreja, con un código que contendrá los siguientes caracteres:
- Las letras ES que identifican a España.
- Un dígito cuya utilidad será la que determine la autoridad competente.
- Un dígito de verificación o control.
- Dos dígitos que identifican a la comunidad autónoma, a la Ciudad de Ceuta o a la de Melilla.
- Ocho dígitos de identificación individual del animal.
- Para los bovinos nacidos después del 30 de junio de 2025 (y voluntariamente para los demás): un crotal electrónico en la oreja izquierda y un crotal convencional en la oreja derecha, con un código que contendrá los siguientes caracteres:
- Los dígitos 724 (en la porción electrónica) o las letras ES (en la porción visual), que identifican a España.
- Dos dígitos que se corresponderán con la especie: “22” o, en el caso de los bovinos reidentificados electrónicamente, “27”.
- Dos dígitos que identifican a la comunidad autónoma, a la Ciudad de Ceuta o a la de Melilla.
- Ocho dígitos que identifican individualmente al animal.

2. Documento de identificación bovino, que acompañará al animal cuando se desplace a otros Estados miembros y, de manera transitoria, también en los movimientos dentro del territorio nacional.
3. Documento de movimiento, que amparará los movimientos dentro del territorio nacional de los bovinos, hasta la explotación de destino, en base al Real Decreto 728/2007, de 13 de junio. Este documento y el certificado sanitario de origen pueden constituir un único documento, y tener un formato tanto en papel como electrónico. Se deberán conservar los documentos que acompañan al movimiento de los animales que entran en la explotación, y un duplicado de los que salen, durante un periodo mínimo de tres años desde la fecha del movimiento.
4. Libro de registro de explotación que puede llevarse de forma manual o informatizada y debe estar accesible a la autoridad competente durante un periodo mínimo de tres años.
5. Base de datos informática: en España se denomina SITRAN e integra al Registro General de Explotaciones Ganaderas (REGA), al Registro de Identificación Individual de Animales (RIIA) y al Registro General de Movimientos del Ganado (REMO).