La isla canaria de El Hierro es la más occidental del archipiélago y también una de las más oceánicas. Prácticamente carece de plataforma insular y en las cercanías de la costa se alcanzan profundidades considerables. Las costas de esta isla son abruptas, con presencia de muchos tramos acantilados y solo existen unas pocas playas. Los vientos dominantes en el archipiélago, los alisios, que soplan del nordeste afectan principalmente a las costas este y norte de la isla, mientras que la costa orientada al sur se encuentra casi todo el año protegida de los vientos, por ello se conoce popularmente a esta zona como el mar de Las Calmas. Los vientos a menudo afectan a la zona de Punta de La Restinga, penetrando en el sector Este de la Reserva, pero generalmente a partir de la zona de Reserva Integral se deja de sentir el efecto del viento.
Un fenómeno importante que va a condicionar los poblamientos biológicos que existen en los fondos del Hierro es la temperatura de sus aguas, que son más cálidas que en el resto del archipiélago canario. Existe un gradiente de temperatura de unos dos grados centígrados entre esta isla y las más orientales (Fuerteventura y Lanzarote), de manera que en verano se alcanzan los 24ºC en las aguas superficiales. Este fenómeno se pone de manifiesto en un "tropicalización" de este sector del archipiélago canario, con presencia de especies tropicales y de manera más abundante que en el resto de las islas, especies tales como el gallo oceánico(Canthidermis suffamen), el gallo azul (Aluterus scriptus), el tamboril espinoso (Chilomycterus reticulatus), el pez trompeta (Aulostomus strigosus), el salmonete amarillo (Mulloides martinicus), así como varias especies de carángidos tropicales (Caranx lugubris, C. latus y C. crysos)el cabositos tropical (Gnatholepis thompsoni) y la langosta herreña (Panulirus echinatus), son relativamente abundantes en las aguas del Hierro.
Otro factor importante que influye en la presencia de especies es la proximidad de aguas oceánicas abiertas, lo que permite avistar con relativa frecuencia especies pelágicas migratorias, como las mantas(Mobula mobular y Manta birostris), el tiburón ballena (Rhyncodon typus), atunes (Thunnus spp.), medregales (Seriola spp.) y petos (Acanthocybium solandri). Otros animales que circundan a menudo las aguas de la reserva marina y el Mar de Las Calmas son las tortugas marinas y los mamíferos marinos, como el delfín mular (Tursiops truncatus), el delfín común (Delphinus delphis), delfín moteado del Atlántico (Stenella frontalis), así como alguna ballena.
Los fondos también son abruptos, dominando el substrato rocoso, con numerosas coladas que penetran en el mar, grandes rocas y cantos de diverso tamaño. Debido a la presencia de materiales volcánicos abundan las cuevas, oquedades y grietas infralitorales, las cuales albergan comunidades biológicas bastante interesantes, con presencia de muchos elementos esciáfilos. En las partes iluminadas aparecen fondos vegetados, dominados según las estaciones por algas como Lobophora variegata, Lophocladia trichoclados y Cottoniella filamentosa.
