En todas las reservas marinas se desarrollan proyectos de investigación ya sean con medios propios, de la Secretaría General de Pesca, como los programas de trabajo que desarrollan los coordinadores científicos de las reservas, enfocados al sector pesquero, la biodiversidad, los impactos en las reservas marinas o bien proyectos de sensibilizacion centrados en la población local o el mundo educativo.
Asimismo, la Secretaría General de Pesca pulsa la evolución del recurso pesquero a través de convenios con el Instituto Español de Oceanografía sobre el denominadao "efecto reserva". Por último, las numerosas peticiones de muestreos, campañas y trabajos de campo en las reservas marinas que plantean diferentes instituciones científicas como son las universidades y el Centro Superior de Investigaciones Científicas, entre otros, demuestran el valor, cada vez mayor, de la red de reservas marinas de España para el desarrollo de trabajos científicos que enriquecen el conocimiento del medio marino y los efectos de su protección.