En lo relativo al control oficial del bienestar animal, las competencias se distribuyen entre el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación (MAPA), responsable de las actuaciones de control efectuadas fuera del ámbito del matadero, y la Agencia Española de Seguridad Alimentaria y Nutrición (AESAN O.A), organismo adscrito al Ministerio de Derechos Sociales, Consumo y Agenda 2030, competente en las actuaciones de control desarrolladas en matadero..
El programa elaborado por el MAPA en materia de bienestar animal comprende los controles oficiales relativos tanto al bienestar en explotación —incluyendo el cumplimiento de las normas mínimas de protección de los animales en las explotaciones ganaderas y durante las operaciones de matanza— como a la protección de los animales durante su transporte.
Anualmente, las autoridades competentes de las comunidades autónomas remiten al MAPA los resultados de los controles efectuados en sus respectivos ámbitos territoriales. Esta información, junto con los resultados de los controles realizados en frontera, competencia del citado MAPA, constituye la base para la elaboración del correspondiente informe anual.