En el seno del Proyecto Fauna Ibérica (PB87-0397, PB89-0081 y PB92-0121), se han realizado desde 1989, cuatro campañas oceanográficas que abarcan la mayor parte del ámbito íbero-balear, principalmente en las regiones donde la fauna era menos conocida o donde existía especial interés biogeográfico. Estas campañas se han desarrollado a bordo del buque oceanográfico García del Cid, del Consejo Superior de Investigaciones Científicas. La finalidad de estas campañas ha sido la captura de representantes de toda la fauna existente y por ello los muestreos realizados han sido de carácter cualitativo o semicuantitativo. Se ha recogido una ingente cantidad de material que, previamente separado en los laboratorios del Museo Nacional de Ciencias Naturales, va siendo estudiado por los especialistas en los diferentes grupos animales.
De estas campañas, las FAUNA III y IV han tenido como parte de su objetivo los fondos de las islas Columbretes. Ambas se realizaron de forma mixta, combinándose por vez primera los lances de pesca de arrastre con rastra de Agassiz y pelágicos, probados en campañas anteriores (para detalles véase Templado et al., 1993), con métodos más selectivos como son los que se emplean en muestreos con equipos de buceo autónomo.
En estas campañas se ha hecho un gran esfuerzo en el apartado gráfico, obteniéndose varios miles de diapositivas, la mayoría ya digitalizadas (muchas de ellas de animales desconocidos o conocidos sólo por algunas de sus partes duras) y varias horas de película con vídeo Hi8.
En la Campaña FAUNA III (junio/julio de 1994), en la que participaron 18 investigadores de diversos puntos de la geografía española, además de las islas Baleares y del Banco del Emile Baudot (Sureste de Baleares) se muestrearon los islotes Columbretes.
En dichos islotes se prospectaron 8 estaciones (3 con rastra de Agassiz, 4 utilizando aparatos de buceo autónomo y una con red pelágica IKMT), recogiéndose un total de 28 muestras. Su objetivo era realizar un muestreo biológico preliminar en esta zona, de la que se disponía de información prácticamente nula y de escaso material de colección. El rango de profundidad muestreado osciló entre 0 y 80 metros. Se tomaron 300 diapositivas (180 submarinas), tanto de animales como de las diversas actividades desarrolladas en la zona. También se filmó una hora de vídeo de superficie. Parte de este material gráfico se utilizó en la elaboración de un diaporama sobre las islas para el Instituto Español de Oceanografía.
La Campaña FAUNA IV (julio de 1996) prospectó las aguas de los islotes Columbretes y de la isla de Alborán. De forma muy puntual se muestrearon las islas Hormigas (provincia de Murcia). Participaron 19 investigadores. El objetivo de esta campaña fue muestrear de forma semicualitativa y muy selectiva la fauna de las zonas mencionadas.
Los rangos de profundidad estudiados en Columbretes estuvieron comprendidos entre los 0 y los 100 m y se prospectaron 24 estaciones (12 utilizando aparatos de buceo autónomo, 5 con rastra de Agassiz y 6 pelágicas, utilizando diversos sistemas), recogiéndose un total de 195 muestras. Se tomaron cerca de 800 diapositivas (300 de ellas submarinas) de animales en su ambiente o en el laboratorio, así como de diferentes actividades. Además se ha filmado una hora y media de vídeo submarino.
