La protección en este sector se articula fundamentalmente a través de cláusulas generales de bienestar, cuya concreción práctica queda en gran medida supeditada a criterios técnicos, guías sectoriales y al control administrativo competente.
De esta manera, en el ámbito acuícola, se aplica especialmente el artículo 3 del Real Decreto 348/2000, de 10 de marzo, relativa a la protección de los animales en las explotaciones ganaderas, que impone a los titulares de explotaciones la obligación de adoptar medidas adecuadas para asegurar el bienestar de los animales, evitando dolores, sufrimientos o daños inútiles.
Es decir, que es de aplicación el principio general de protección de los animales en las explotaciones, pero no se definen requisitos concretos de alojamiento, densidad, calidad del agua, manipulación o cría específicamente para acuicultura.