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Laboratorio Central de Veterinaria-Sanidad Animal
• Laboratorio Nacional de Referencia para Leucosis Enzoótica Bovina (O.M.28/2/86)
• Laboratorio Nacional de Referencia para las Enfermedades de los Peces (R.D. 22/9/94)
• Laboratorio Nacional de Referencia para las Encefalopatías espongiformes transmisibles de los animales
• Laboratorio Nacional de Referencia para la Enfermedad de Aujeszky (R.D. 28/4/95)
• Laboratorio Nacional de Referencia para Enfermedad de Newcastle (R.D. 28/4/95)
• Laboratorio Nacional de Referencia para Influenza aviar (R.D. 28/4/95)
• Laboratorio Nacional de Referencia para Salmonelosis en animales (R.D. 28/4/95)
• Laboratorio Nacional de Referencia de Peste Equina Africana (R.D. 29/12/89), asimismo es Laboratorio de Referencia de la U.E para Peste Equina Africana (DOCCEE 10/6/92) y Laboratorio de Referencia de la O.I.E. para Peste Equina Africana (10/3/93)
• Laboratorio Nacional de Referencia para la Fiebre Aftosa (R.D.17/11/04)
• Laboratorio Nacional de Referencia para Varroasis
• Laboratorio Nacional de Referencia para Campilobacteriosis y sus agentes causales, 'Escherichia coli' verotoxigénica, Leptospirosis y sus agentes causales, Yersiniosis y sus agentes causales, Tularemia y sus agentes causales, Borreliosis y sus agentes causales, Botulismo y sus agentes causales, Calicivirus, virus de la hepatitis A, virus de la gripe, virus transmitidos por artrópodos, y otras zoonosis y agentes zoonósicos, viricos o bacterianos en productos para la alimentación animal y en animales vivos, distintos de los indicados en el capítulo I, apartado b), de la ORDEN APA/1808/2007, de 13 de junio

Laboratorio Central de Veterinaria-Genética Molecular
• Laboratorio Nacional de Referencia para el análisis de l gen PrnP
• Laboratorio Nacional de Referencia de identificación y control de la filiación (R.D. 25/5/07)
• Laboratorio Nacional de Referencia de genética animal

Laboratorio Central de Sanidad Animal
• Laboratorio Nacional de Referencia para Brucelosis y sus agentes causales
• Laboratorio Nacional de Referencia para Tuberculosis por Mycobacterium bovis u otros agentes
• Laboratorio Nacional de Referencia para Carbunco y sus agentes causales
• Laboratorio Nacional de Referencia para Estafilococos coagulasa positivos
• Laboratorio Nacional de Referencia para Fiebre Q y sus agentes causales
• Laboratorio Nacional de Referencia para rabia animal (salvo los sospechosos de rabia)
• Laboratorio Nacional de Referencia para zoonosis parasitarias: leishmaniasis y sus agentes causales, equinococosis y sus agentes causales, triquinosis y sus agentes causales, criptosporidiosis y sus agentes causales, cisticercosis y sus agentes causales, toxoplasmosis y sus agentes causales, anisakiasis y sus agentes causales, y otras parasitosis
• Laboratorio Nacional de Referencia de los grupos de residuos: A2, A6 (nitromidazoles), B2a, B2b, B2c, B2d, B2e, B2f (excepto corticosteroides)