El río Huso nace en el término municipal de Sevilleja de la Jara (Toledo), en las cercanías del Collado de Huso, discurre en dirección oeste hasta el cruce con la carretera N-502 a la altura del Centro de Estudios de Rapaces Ibéricas (CERI). Torna después a dirección noroeste hasta la desembocadura del Arroyo de San Vicente a la altura del pequeño embalse del mismo nombre.
El río continúa su curso serpenteando a ambos lados del Camino Natural hasta la Estación de Nava-Fuentes, donde comienza a distanciarse del trazado del camino para finalmente desembocar en el río Tajo, concretamente en el embalse de Azután, poco después de pasar por Ciudad de Vascos, poblado medieval bien conservado.